L’heure de la mi-course a sonné à Portimao et les concurrents ont dû patienter environ 1 heure pour reprendre la piste après les accrochages du premier tour.
Peu de temps après le retour du drapeau vert, la voiture de sécurité est entrée en piste suite à un passage dans le bac de la Ferrari 488 GTE/JMW Motorsport qui avait déjà été touchée dans le contact du départ avec la Porsche/Proton de Ried. Wei Lu s’est accroché avec la Ferrari/Spirit of Race de Duncan Cameron. Le pilote JMW sera pénalisé de 20 secondes d’arrêt supplémentaire lors de son arrêt. D’autres autos ont souffert, notamment l’ORECA 07/RLR Msport de Bruno Senna (suspension) et la Ligier JS P217/Inter Europol Compétition qui a abandonné.
L’entrée de la voiture de sécurité a modifié la stratégie des équipes. A mi-course, le leadership est occupé par la Ligier JS P217/Panis-Barthez Compétition de Kosntantin Tereschenko (1 seul arrêt) devant l’ORECA 07/Algarve Pro Racing de John Falb. Les deux ORECA 07/United Autosports ont fait la course en tête avant les premiers arrêts. Phil Hanson occupe la 3e place. IDEC Sport et G-Drive Racing, en lice pour la couronne, sont toujours dans le coup.
En LMP3, Lucas Légeret pointe en tête sur la Norma M30 LMP3/M.Racing YMR devant une autre Norma, celle de Jean-Baptiste Lahaye (Ultimate).
Fabien Lavergne mène la catégorie GTE sur la Ferrari 488 GTE/Luzich Racing. La seconde invitation pour les 24 Heures du Mans en GTE reste indécise même si Dempsey Proton Racing n’a plus toutes les cartes entre ses mains. En revanche, toute chance d’invitation pour Kessel Racing et son équipage féminin est à exclure, la Ferrari de Manuela Gostner étant prise dans l’accident du premier tour. Dempsey-Proton Racing, JMW Motorsport et Spirit of Race peuvent encore accompagner Luzich Racing au Mans en juin 2020.